Τοποθετημένο στο λόφο μεταξύ της Σκάλας και της Χώρας, το Ιερό Σπήλαιο της Αποκάλυψης είναι ένα από τα σημεία αναφοράς όχι μόνο της Πάτμου, αλλά του χριστιανισμού παγκοσμίως. Το σπήλαιο αυτό αποτέλεσε το καταφύγιο του Ηγαπημένου Μαθητή του Ιησού Ιωάννη το 95 μ.Χ. , όταν ο αυτοκράτορας Δομητιανός τον εξόρισε στην Πάτμο, τιμωρώντας τον για την κήρυξη του λόγου του Θεού στην Έφεσο. Όπως καταθέτει όμως ο ίδιος ο Ιωάννης, δεν φτάνει στην Πάτμο ως ένας εξόριστος ηττημένος ή ένας πολιτικός κρατούμενος σε καιρούς χαλεπούς, αλλά ως εξόριστος «εν πνευματική αποστολή», συνεχίζοντας να μεταλαμπαδεύει το Λόγο και την Ουσία του Θεού.

Στην εξορία του και σε αυτή την πνευματική του αποστολή τον συνοδεύει ο πιστός του μαθητής Πρόχορος. Σύμφωνα με τη χριστιανική παράδοση, κατά τη διάρκεια της διαμονής του Ιωάννη στο σπήλαιο, σκίστηκε ο βράχος, και μέσα από τρεις μικρότερες σχισμές, που συμβολίζουν την Αγία Τριάδα, ακούστηκε η φωνή του Θεού, που υπαγόρεψε στον Ιωάννη το Ιερό Βιβλίο της Αποκάλυψης. Ενδέχεται στο ίδιο μέρος να πραγματοποιήθηκε και η συγγραφή του 4ου κατά Ιωάννη Ευαγγελίου.

Από τον 17ο αιώνα ενσωματώθηκε δίπλα στο ιερό σπήλαιο ο ναός της Αγίας Άννας, ο οποίος χτίστηκε από τον Όσιο Χριστόδουλο ως αφιέρωμα προς τη μητέρα της Θεοτόκου και την μητέρα του ίδιου του Οσίου που ονομαζόταν Άννα και της μητέρας του αυτοκράτορα Αλέξιου Κομνηνού. Δεξιά του ναού βρίσκεται το Ιερό Σπήλαιο της Αποκάλυψης, όπου μέσα σε αυτό βρίσκεται ο ιερός ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου. Το Σπήλαιο αποτελεί μέρος ενός ενιαίου συγκροτήματος εκκλησιών και άλλων κτισμάτων (αποθήκες, κελιά, παρεκκλήσια) με το όνομα Αποκάλυψη.

Σήμερα, το Ιερό Σπήλαιο της Αποκάλυψης έχει διαμορφωθεί σε λατρευτικό χώρο, όπου δίνεται η δυνατότητα στον προσκυνητή να δει το χώρο στον οποίο γράφτηκε η Αποκάλυψη, να αγγίξει την τριπλή σχισμή στο βράχο, να επεξεργαστεί το σημείο στο οποίο αναπαυόταν ο Ευαγγελιστής, καθώς και να αγγίξει τα κοιλώματα στον βράχο από όπου πιανόταν για να σηκωθεί, ενώ ακόμα έχει δημιουργηθεί σε ύψος ανθρώπινου αναστήματος το αναλόγιο του Προχόρου.

Το σπήλαιο της Αποκάλυψης αποτελεί ένα μέρος κατάνυξης, όπου ο προσκυνητής μπορεί να μυηθεί στην ομορφιά και το δέος με τη σιωπή, την αφή, την προσευχή και την ενόραση, καθώς με τα μάτια μπορεί να αφουγκραστεί την αίσθηση που γεννά η εικόνα του μεγαλοπρεπούς αυτού Ιερού Σπηλαίου.

Το 1999 κηρύχθηκε Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς από την UNESCO μαζί με την Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου.